Срок обучения на заочном отделении - 6 лет. Заочные отделения расположены во всех крупных городах Сибири и Дальнего Востока.

На каждом курсе обучения студенты-заочники имеют право на бесплатный проезд к месту учебы и обратно, и дополнительный оплачиваемый отпуск в количестве 40-50 дней за счет своего предприятия для участия в зачетно-экзаменационных сессиях, для выполнения и защиты дипломного проекта - в количестве 120 дней.

На заочном отделении студенты обучаются без отрыва от производства по девяти специальностям:

· "Экономика и управление на предприятии",
· "Судовые энергетические установки",
· "Техническая эксплуатация судов и судового оборудования",
· "Электропривод и автоматизация промышленных установок и технологических комплексов",
· "Организация перевозок и управление на транспорте",
· "Судовождение",
· "Гидротехническое строительство",
· "Комплексное использование и охрана водных ресурсов",
· "Эксплуатация судовых энергетических установок".

В состав отделения заочного обучения входят:

· Омский филиал Новосибирской государственной академии водного транспорта.
Телефон 8-381-2-39-84-53, FAX 8-381-2-31-89-29.
Адрес: 644024, г. Омск, пр. К. Маркса, 3.
· Хабаровский филиал Новосибирской государственной академии водного транспорта.
Телефон 8-421-2-36-96-24, FAX 8-421-2-39-86-32.
Адрес: 680007, г. Хабаровск, пер. Ремесленный, 4-А.
· Якутский филиал Новосибирской государственной академии водного транспорта.
Телефон 8-411-2-45-76-20, FAX 8-411-2-45-76-21.
Адрес:677020, Саха (Якутия), г. Якутск, ул. Водников, 1.
· Томский филиал Новосибирской государственной академии водного транспорта.
Телефон 8-382-2-22-29-10, FAX 8-382-2-22-42-54.
Адрес: 634001, г. Томск, ул. К. Маркса, 20.
· Тобольский филиал Новосибирской государственной академии водного транспорта.
Телефон 8-345-11-450-06, FAX 8-345-11-4-50-07.
Адрес: 626100, г. Тобольск, ул. Ремезова, 72-А.
· Красноярский филиал Новосибирской государственной академии водного транспорта.
FAX 8-391-2-34-74-96.
Адрес: 660025, г. Красноярск, пер. Якорный, 3, а/я 14227.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Николаевск-на-Амуре.
Телефон 8-421-35-2-49-64.
Адрес: 682430, г. Николаевск-на-Амуре, ул. Сибирская, 191-А.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Благовещенск.
Телефон 8-416-2-49-32-51.
Адрес: 675002, Амурская область, г. Благовещенск, ул. Краснофлотская, 83/95.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Находка.
Телефон 8-423-66-4-72-58, FAX 8-423-66-4-72-58.
Адрес: 692913, Приморский край, г. Находка, Находкинский проспект, 59, ОАО "НСРЗ".
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Усть-Кут.
Телефон 8-395-65-2-68-55, FAX 8-395-65-2-68-55.
Адрес:665780, Иркутская область, г. Усть-Кут, ул. Белобородова, 8.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Киренск.
Телефон 8-395-68-2-12-49, FAX8-395-68-2-12-49.
Адрес: 666710, Иркутская область, г. Киренск, ул. Ленских рабочих, 35.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Иркутск.
Телефон 8-395-2-29-75-76.
Адрес:664000, г. Иркутск, центр, Набережная УЭС, 8.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Подтесово.
Адрес: 663134, Красноярский край, Енисейский район, поселок Подтесово.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Дудинка.
Телефон 8-391-11-2-70-37, FAX 8-391-11-2-18-12.
Адрес: 663210, Красноярский край, г. Дудинка, ул. Советская, 43, ПО "Эколог".
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Семипалатинск.
Адрес:490006, Республика Казахстан, г. Семипалатинск, ул. Сатпаева, 15, РКСПВП.
· Представительство Новосибирской государственной академии водного транспорта в городе Тюмень.
Адрес: 625015, г. Тюмень, Судоремонтный завод, Учкомбинат.