Дистанционное образование в МГАВТ ведётся с 1995 года на основании “Концепции создания и развития единой системы дистанционного образования в России”, утвержденной Постановлением Госкомитета РФ по внешнему образованию №6 от 31.05.95, а с октября 2001 года - в соответствии с федеральной целевой програмой “Развитие единой образовательной информационной среды (2001-2005 г. г)”.

Дистанционное обучение осуществляется в городах: Печора, Котлас, Череповец, Рыбинск, Пермь, Омск, Тобольск, Осетрово, Ростов-на-Дону. Организацию дистанционного образования осуществляет Центр дистанционного обучения и маркетинговых услуг, региональные представительства и филиалы академии.

Подготовка специалистов ведётся по специальностям 240200 “Судовождение”, 240500 “Эксплуатация судовых энергетических установок”, 060800 “Экономика и управление на предприятии”, 021100 “Юриспруденция”.

За пятилетний период в системе дистанционного образования успешно закончили подготовку и получили дипломы специалистов 900 человек, продолжают обучение в настоящее время более 1500 человек.